Die Friedrich-Baur-Stiftung erfüllt ihre gemeinnützigen Zwecke über ihre beiden Destinatäre, die Medizinische Fakultät der Ludwig-Maximilian-Universität München und die Bayerische Akademie der schönen Künste:
- Friedrich-Baur-Institut an der Medizinischen Fakultät der LMU
- Bayerische Akademie der schönen Künste